كانت قليبية في القرن 16 م مثل غيرها من المواقع المحصنة بالسواحل التونـسـيــة مسرحا لعديد معارك دارت بين الأتراك العثمانيين والإسبان ، وفي بداية القرن السابع عشر عزز داي تونس مراد خلال سنة 1637 م الوسائل الدفاعية للقلعة بتجهيزات جديدة وزاد في عدد الحامية بهدف تحسين الدفاع عن المرفأ الذي كان يحتوي أيضا مجموعة من مراكب القرصنة. وانجر عن هذا النشاط عدة حملات إنتقامية مسيحية وخاصة قذف القلعة من طرف الأسطول الفرنسي سنتي 1699 م و1671 م ، ولكن بعد تراجع القرصنة في القرن الثامن عشر وقع إهمال القلعة وقد قال الرحالة الفرنسي V.GUERIN الذي زار القلعة سنة 1860 م " إنما كانت مليئة بالأنقاض وأشجار التين والأحراش الشاكئة وأخذت أجزاء عديدة من القلعة تخرب وتتصدع أكثر فأكثر .أما الأشغال التي أنجزها في أواسط القرن التاسع عشر أحـد أثرياء قليبيـة (مصطفى بن سليمان) فقد إنحصرت في تدعيمها من الجهة الشرقية بستار.
ومنذ سنة 1881 م أولى الفرنسيون أهمية كبرى لقلعة قليبية فجهزوها بمنارة وبمركز إرسال بحري ونظرا لموقعها الإستراتيجي إحتلتها القوات الإيطالية والألمانية فيما بين 1942 م - 1943 م وهيأت في أسفل الصخري عدة تحصينات.
